Green Arrow enví­a refuerzos - Flash -, Aquaman y Cyborg vuelven a Smallville para ayudarle a destruir el laboratorio secreto de LuthorCorp. Durante un ataque a las instalaciones de LuthorCorp, Bart es capturado y torturado por Lex y Clark sale para rescatarlo, pero cae ante una roca de meteorito. Chloe alarmada va a buscar la ayuda de Oliver, y comienza la formación y acción de la "Liga de la Justicia" para rescatar a Clark y Bart.

Smallville 6x12 Labyrinth

Clark (Tom Welling) es atacado y se despierta en un asilo mental donde el médico que lo atiende, el Doctor Hudson, le dice que él ha estado allí­ durante cinco años debido a complicadas fantasí­as que tuvo sobre superpoderes aliení­genas. En este nuevo mundo, Martha (Annette O'Toole) está casada con Lionel Luthor (John Glover), Chloe (Allison Mack) es considerada loca y Lana (Kristin Kreuk) escogió a Clark sobre Lex (Michael Rosenbaum).

Smallville 6x13 Crimson

LA KRIPTONITA ROJA REGRESA Y "EL CLARK MALO " BESA TANTO A LOIS COMO A LANA - Después de que Lois (Erica Durance) usa el lapizlabial hecho con kriptonita roja, ella se siente abrumada con deseos hacia Clark (Tom Welling) y hace su movimiento. Los dos comparten un beso, transfiriendo la kriptonita roja a Clark y las inhibiciones de él se sueltan inmediatamene, causando que el "Clark malo" pueda surgir.

Smallville 6x14 Trespass

Después de que ella recibe una foto donde se está vistiendo en su habitación, Lana (Kristin Kreuk) comprende que ella está acechada por alguien y decide ocultarse afuera en un lugar sorprendente. Mientras tanto, Jimmy (Aaron Ashmore) rompe su relación con Chloe (Allison Mack) porque él cree que ella no sabe realmente lo que siente por Clark (Tom Welling), forzando a Chloe a que mire profundamente sus sentimientos hacia su mejor amigo.

Smallville 6x15 Freak

Clark (Tom Welling) y Chloe (Allison Mack) descubren que Tobias (estrella invitada Greyston Holt), un joven que fue cegado durante la lluvia de meteoritos y que ahora tiene la habilidad de identificar "freaks de meteoritos" es usado por Lex (Michael Rosenbaum) para localizar a la gente con habilidades y poder experimentar con ellos. Lana (Kristin Kreuk) descubre la habilidad que tiene Tobias, y tiene temor de que él nombrará a Clark como un infectado, por lo cual, le ofrece un trasplante de córnea a Tobias a cambio de su silencio. Sin embargo, ella no estará preparada para las noticias espantosas que le dará Tobias. Erica Durance, John Glover y Annette O'Toole también aparecen en el episodio. Todd Slavkin y el Darren Swimmer escribieron el episodio y fue dirigido por Michael Rosenbaum.

Smallville 6x16 Promise

DÍA de la BODA de LEX Y de LANA - en el dí­a de la boda de Lex y de Lana, Lex recibe una llamada del Dr. Langston (Fred Henderson) que amenaza con decirle a Lana la verdad sobre su bebé. Lana comienza a tener segundos pensamientos sobre casarse con Lex y a Clark tiene su propia realización que él no puede dejar a Lana casarse con Lex y decide decirle sobre su secreto. Sin embargo, nadie se prepara para lo que pasa cuando Lionel Luthor da unos pasos.

Smallville 6x17 Combat

Clark y Chloe descubren a Titan, un Zoner, que es la estrella de un club de lucha secreta, cuyas batallas sangrientas a muerte son difundidas en el Internet. Lois huele una historia y decide investigar sola, pero es capturada y forzada a participar en las peleas con Athena la cual es su primera oponente. Clark revela sus poderes, por lo cual, él puede luchar contra Titan, pero Clark queda aturdido cuando es lanzado al ring con Lois al mismo tiempo.

LYNDA CARTER "WONDER WOMAN EN LA TELEVISIÓN" ES LA ESTRELLA INVITADA - Después de que Lex (Michael Rosenbaum) descubre que la madre de Chloe (Allison Mack) llamada Moira (Lynda Carter) tiene el poder de controlar a freaks de meteorito, él desarrolla una droga para despertarla de su estado catatónico en el manicomio, luego Lex amenaza con matar a Chloe a no ser que ella use su poder para ayudarle. Clark (Tom Welling) ayuda a Chloe a entrar al manicomio para rescatar a Moira para que así finalmente pueda conocer a su madre. Kristin Kreuk, John Glover y Annette O'Toole también aparecen en el episodio. Genevieve Sparling escribió el episodio y fue dirigido por Terence O'Hara.

CLARK Y LEX, JUNTOS, QUEDAN ATRAPADOS EN UN DERRUMBE DE UNA MINA LLENA CON KRIPTONITA - Después de que Jodi (estrella invitada Emily Holmes), la esposa de un soldado de las Fuerzas Especiales, hace estallar una bomba en una de las cañerí­as de los laboratorios secretos de Lex (Michael Rosenbaum), Lionel (John Glover) queda severamente herido y Lex es tomado como rehén por la esposa enfurecida. Ella reclama que Lex secuestró a su marido desaparecido, luego Jodi le amenaza con hacer explotar el laboratorio entero con Lex dentro, a no ser que él le diga donde está su marido. Clark sale para rescatar a Lex, pero inmediatamente es derribado por la kriptonita que se encuentra en las paredes de la mina. Lex y Clark comprenden que el único modo de salir vivos, es ayudarse el uno al otro.

EN UNA PELÍCULA ESPECIAL NOIR, SE LANZA UN EPISODIO PARCIALMENTE EN BLANCO Y NEGRO, JIMMY VE COMO HABRÍA SIDO LA VIDA EN SMALLVILLE EN LOS AÑOS DE 1940 - Después de tener un secreto repartido con Lionel (John Glover), Lana (Kristin Kreuk) recibe un disparo de un pistolero misterioso en el Daily Planet. Jimmy (Aaron Ashmore) es golpeado y dejado inconsciente mientras estaba estudiando las fotografías de la escena y sueña con una versión de Smallville en los años 1940, en el cual Lana es una vampiresa que planeó el asesinato de su magnate marido Lex (Michael Rosenbaum), Clark (Tom Welling) trabaja en el Daily Planet como un reportero y Lois (Erica Durance) es una cantante sofocante que trabaja en una barra de la propiedad de Lionel. Mientras tanto, de regreso en el 2007, Clark descubre porque Lana se casó con Lex.

LEX INTENTA CONSTRUIR UN EJERCITO DE SUPER SOLDADOS - Lex (Michael Rosenbaum) ha intentado secretamente convertir a Keenan (estrella invitada Tahmoh Penikett), un militar que supuestamente murió en Afghanistan, en un “super soldado” injectándole ADN de varios meteor freaks que han sido capturados. Después de que un senador (estrella invitada Alan C. Peterson) intenta exponer sus laboratorios secretos, Lex ordena asesinar al senador, Lois (Erica Durance) evita el ataque pero inadvertidamente se convierte en el próximo blanco del super soldado. Entretanto, Clark (Tom Welling) intenta convencer a Lana (Kristin Kreuk) de que deje a Lex. Allison Mack y Annette O'Toole también participan. Escrito por:Steven S. DeKnight. Dirigido por: Mat Beck